Федеральное агентство по недропользованию было учреждено Указом Президента Российской Федерации №314 от 9 марта 2004 г. В соответствие с Концепцией административной реформы в России Роснедрам были переданы от Министерства природных ресурсов РФ правоприменительные функции, функции по оказанию государственных услуг и по управлению имуществом в сфере недропользования.